بصورة رسمية، تأسست كلية أصول الدين والآداب والدعوة عام 1999 تحت اسم قسم أصول الدين. جاء إنشاء هذا القسم تزامنًا مع تغيير وضع المعهد العالي للدراسات الإسلامية تولونغاغونغ من كونه كلية التربية في تولونغاغونغ كجزء من الكلية الفرعية لجامعة “إين” سونان أمبيل. وكان هذا التغيير جزءًا من جهود الحكومة لتطوير مؤسسات التعليم العالي الإسلامية، خاصة الكليات الإقليمية (الفروع)، بناءً على صدور قرار رئيس الجمهورية رقم 11 لعام 1997 بشأن إنشاء المعهد العالي للدراسات الإسلامية الحكومية، وقرار وزير الشؤون الدينية رقم 315 لعام 1997 بشأن تنظيم وعمل المعهد العالي للدراسات الإسلامية تولونغاغونغ، وقرار وزير الشؤون الدينية رقم 348 لعام 1997 بشأن النظام الأساسي للمعهد، وقرار المدير العام لشؤون بناء الشؤون الإسلامية رقم: E/136/1997 بشأن تحويل وضع الكلية الإقليمية إلى المعهد العالي للدراسات الإسلامية، وموافقة وزير الدولة لشؤون الإصلاح الإداري رقم 8.589/I/1997 بشأن إنشاء المعهد، الذي حول جميع الكليات الفرعية التابعة لجامعة “إين” في جميع أنحاء إندونيسيا إلى المعاهد العالية للدراسات الإسلامية الحكومية (STAIN).
عند إنشائها، فتحت كلية أصول الدين والآداب والدعوة برنامج دراسي واحد فقط وهو تفسير الحديث (الذي أصبح الآن قسم علوم القرآن والتفسير). ومع زيادة اهتمام المجتمع بدراسة العلوم الدينية، افتتحت الكلية منذ عام 2010 قسمين جديدين، وهما قسم العقيدة والفلسفة (والذي يُعرف الآن باسم قسم العقيدة والفلسفة الإسلامية) وقسم التصوف والعلاج النفسي. جاء افتتاح هذين القسمين استنادًا إلى قرار المدير العام للدراسات على مستوى البكالوريوس في الجامعات الإسلامية عام 2009.
وفي عام 2015، افتتحت الكلية ثلاثة أقسام جديدة، وهي قسم اللغة والأدب العربي، وقسم الاتصال والإعلام الإسلامي، وقسم الإرشاد والإرشاد الإسلامي. جاء افتتاح هذه الأقسام بناءً على قرار المدير العام للتعليم الإسلامي رقم 1270 لعام 2015 بشأن ترخيص تقديم البرامج الدراسية في برنامج البكالوريوس بالمعهد العالي للدراسات الإسلامية تولونغاغونغ، والذي وُقع في 2 مارس 2015.
وبعد ذلك بوقت قصير، في عام 2017، افتتحت الكلية ستة أقسام جديدة استنادًا إلى قرار المدير العام للتعليم الإسلامي رقم 1270 لعام 2017 بشأن ترخيص تقديم البرامج الدراسية في برنامج البكالوريوس بالمعهد العالي للدراسات الإسلامية تولونغاغونغ. وفيما يلي قائمة الأقسام في الكلية من العام الأكاديمي 1999/2000 حتى العام الأكاديمي 2023/2024.
| Jurusan | Tahun Dibuka |
| Ilmu Al-Quran dan Tafsir (IAT) | 1999 |
| Aqidah dan Filsafat Islam (AFI) | 2010 |
| Tasawuf dan Psikoterapi (TP) | 2010 |
| Bahasa dan Sastra Arab (BSA) | 2015 |
| Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) | 2015 |
| Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) | 2015 |
| Sejarah Peradaban Islam (SPI) | 2017 |
| Psikologi Islam (PI) | 2017 |
| Sosiologi Agama (SA) | 2017 |
| Ilmu Perpusatakaan dan Informasi Islam (IPII) | 2017 |
| Manajemen Dakwah (MD) | 2017 |
| Ilmu Hadis (IH) | 2017 |
منذ تأسيسها، مرت كلية أصول الدين والآداب والدعوة بـ 7 (سبع) فترات إدارية، موضحة بشكل زمني في الجدول التالي:
| Periode | Jabatan | Nama |
|---|---|---|
| 1999-2001 | Ketua Jurusan | Drs. H. Muhadi Latief, M.Ag. |
| Sekretaris Jurusan | Drs. Nur Efendi | |
| 2001-2002 | Ketua Jurusan | Prof. Dr. Mujamil, M.Ag. |
| Sekretaris Jurusan | Drs. Nur Efendi | |
| 2002-2006 | Ketua Jurusan | Dr. Imam Malik, M.Ag. |
| Sekretaris Jurusan | H. Abd. Ghofur Noer, S.Ag., M.M. | |
| 2006-2010 | Ketua Jurusan | Dr. Abad Badruzaman, Lc., M.Ag. |
| Sekretaris Jurusan | A. Zainal Abidin, M.A. | |
| Kepala Lab. | Dr. Teguh, M.Ag. | |
| 2010-2014 | Ketua Jurusan | Dr. Abad Badruzaman, Lc., M.Ag. |
| Sekretaris Jurusan | A. Zainal Abidin, M.A. | |
| Kaprodi TH | Salamah Noorhidayati, M.Ag | |
| Kaprodi AF | Uswah Wardiana, S.Psi., M.Si. | |
| Kaprodi TP | Moh Jazeri, S.Ag., M.Pd. | |
| Kepala Lab. | M. Muntahibun Nafis, M.Ag. | |
| 2014-2018 | Dekan | Dr. Abad Badruzaman, Lc., M.Ag. |
| Wakil Dekan I | Dr. A. Zainal Abidin, M.A. | |
| Wakil Dekan II | Uswah Wardiana, S.Psi., M.Si. | |
| Wakil Dekan III | Dr. Teguh, M.Ag. | |
| Kepala Lab. | Dr. H.M. Munthahibun Nafis M.Ag | |
| Kabag. TU (Pjs.) | Drs. Basuki Rahmad, M.M. | |
| Kasubbag AKA | Drs. Miftahul Huda | |
| Kasubbag AUK | Indah Kusnul Masruroh, M.Ag. | |
| 2018-2022 | Dekan | Dr. Akhmad Rizqon Khamami, Lc., M.A |
| Wakil Dekan I | Dr. H. Teguh, M.Ag | |
| Wakil Dekan II | Dr. H. Nur Kholis, M.Pd | |
| Wakil Dekan III | Dr. Salamah Noorhidayati, M.Ag | |
| Kepala Lab. | Muhammad Ainun Najib, M.Fil.I | |
| Kabag. TU (Pjs.) | Drs. Mashuri, M.H.I | |
| 2023-2027 | Dekan | Dr. Akhmad Rizqon Khamami, Lc., M.A |
| Wakil Dekan I | Dr. Nurul Hidayat, M.Ag | |
| Wakil Dekan II | Hj. Uswah Wardiana, M.Si | |
| Wakil Dekan III | Dr. Muhammad Ridho, M.A | |
| Kabag TU | Nurhadi, S.E., MM | |
| PTP | Dra. Siti Nurul Af Ida, MM |
